過去に犯したとある大罪のため、第零監獄に幽閉されていた少年・イフは、ある日「正義の味方」を自称する少年・ウェンに連れ出される。

イフは自身の目的に同行してほしいと求めるウェンに応じ、自分の願いを叶えることを条件にして監獄を出るが...。

空飛ぶ都市国家を舞台に、18人の少年少女が織りなす、希望と絶望の群像劇。

六年前、自身の過失で幼馴染の朝霧あさぎり暮亜くれあを失った少年、雨崎あまざきは、七回忌の命日の後、成長した暮亜と遭遇する。彼女は死んだ少女を生き返らせる謎のゲーム『少女戦争』に参加するため蘇ったのであった。

暮亜を生き返らせるべく、『少女戦争』への参加を決める雨崎だったが...。

大手開発会社『エレクトロシステムズ』のサーバーで、同社に開発されたAI搭載型アンチウイルスソフトとして活動するレイシスはある日、記憶喪失になったexeファイルの少女、クローラを保護する。

彼女には、一ヶ月前に失踪したレイシスの兄、レイドと接触した記録が残されていた。

それと同時期、東京を未曾有のサイバーテロが襲おうとしていた。

世界大戦を対核施設で生き残った僅かな人類は、『開発局』と呼ばれる研究機関が作り上げた地球最後の都市「コロニー」に移り住み、『開発局』第二の叡智、アンドロイドと共に平穏を取り戻そうとしていた。

過去、親友を『開発局』に連れ去られた始末屋の少年・ハイリは、世界最高峰の戦闘用アンドロイド、ニッカを連れ出し、偽りの平穏に反旗を翻す。すべては親友を取り戻すため、そして親友との約束を果たすため──。

周りにいる人間が悉く事件に巻き込まれる『死亡フラグ体質』の高校生、江東えとうは、ある冬、交通事故が原因で入院することになる。

そこで出会った重病患者の少年、忌条きじょうが、類稀なる頭脳の持ち主であることを知った江東は、自分の身の回りで起こるトラブルの解決を、彼に持ちかけるようになる。

普通の学校生活を送っていた都月のもとに、ある日「ユメハラ」と名乗る少年が現れる。

彼は都月の幼馴染の少女、反田たんだ秘陽ひめはるをクラスのいじめから救うためやって来たと話すが、ほどなくして彼女は投身自殺を図ってしまう。

都月は秘陽を救うため、得体の知れない少年ユメハラと、嫌々ながら手を組むことになるのだが…。

謎の教育施設『学校』に唯一存在する三十人学級。

そこに在籍する少年少女は、『第二次能力開発実験』という実験の被験体たちにして失敗作の集まりだった。

実験失敗から三年経ったある日、とうとう彼等に処分命令が下る。唯一助かる方法は、クラスメイトを全員殺害し、一人で生き残ること。

果たしてタントはこの理不尽な状況を生き延びることができるのか。

そして実験の真の目的とは。